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Durante la primavera de 1990 para creación del nuevo periódico y recaudar los fondos económicos necesarios para hacerlo posible. Unas 3.000 personas trabajaron voluntariamente en dicha campaña, se pusieron en el mercado acciones y participaciones de 30 euros y para aquel que quisiera ser accionista se vendían acciones de 3.000 euros. La normativa establecía que ningún accionista podía poseer más del 10 % de las acciones. En total se adhirieron al proyecto alrededor de 90.000 personas y se recaudaron 300.000 euros. Es así como se creó Egunkaria S.A., la sociedad mercantil responsable del futuro periódico Euskaldunon Egunkaria. El 6 de diciembre de 1990 se edita su primer número, con 32 páginas. Diariamente, tenía una tirada de 15.000 ejemplares, 44.000 lectores estimados, página web y una calidad periodística equiparable a otros rotativos de mayor tirada.
El 20 de febrero de 2003 la Guardia Civil por orden de la Audiencia Nacional ordena su clausura temporal y el embargo preventivo de todos los bienes de Egunkaria, por formar presuntamente parte del conglomerado empresarial controlado por ETA.
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Los jueces del tribunal especial prefirieron desoír al Ministerio Público, que admite que no hay pruebas en su contra. La Sección Primera de la Sala de lo Penal decidió seguir adelante con las únicas acusaciones de la AVT y la asociación ultra Dignidad y Justicia, desestimando de paso la aplicación de la llamada "doctrina Botín" según la cual no es posible llegar a juicio oral en un procedimiento abreviado si no hay ni acusación pública ni acusación particular, como ocurre.
Se ha convocado una manifestación el 19 de diciembre en Bilbo contra el juicio a «Egunkaria»
a las 17:00h desde la Plaza A.Donosti.
a las 17:00h desde la Plaza A.Donosti.